Nel 1696 la chiesa venne in gran parte ricostruita: la cappella maggiore fu ampliata notevolmente, la chiesa fu allargata (in maniera asimmetrica, come si vede dalle immagini), allungata e dotata di un piccolo portico, il convento ingrandito.
La ricostruzione in 3D della chiesa sul Monte della Guardia, è stata fatta utilizzando Trimble SketchUp, un modellatore solido per Google Earth. Questo modello è visualizzabile a questo link.
La sontuosità della nuova Cappella Maggiore, in contrasto con il resto della chiesa, che pareva inadeguata, fu tra gli elementi che fecero pensare subito ad un nuovo progetto.